保险公司应当赔偿。理由如下:
1、投保车辆在保险期限内发生交通事故,承保的保险公司应当依照《机动车交通事故责任强制保险条例》和《中华人民共和国保险法》的相关规定,承担理赔责任;
2、车辆改色与本次交通事故的发生并没有直接的因果关系,对于本次交通事故的发生并没有直接的过错,保险公司以你的车辆存在改色为由拒绝赔偿,没有法律根据,保险公司应当在保险范围内承担赔偿责任;
3、机动车在保险合同有效期内发生改装、使用性质改变等导致危险程度增加的情形,应当通知保险公司。但车辆改色并不会增加危险,故发生交通事故后,当事人请求保险公司在责任限额范围内予以赔偿的,人民法院应予支持。